O setor de Manutenção e Operação Predial do LIT tem como responsabilidade garantir a operação e a manutenção da infraestrutura predial do Laboratório. Na parte operacional, o LIT conta com uma central de supervisão, o que possibilita comandos a distância, verificação do estado dos diversos subsistemas de infraestrutura, tais como elétrica, eletrônica, ar condicionado/ventilação, mecânica e sistema de segurança integrado, este último envolvendo detecção e combate a incêndio, proteção perimetral, controle de acesso e CFTV.

A operacionalidade das instalações é tarefa do grupo, que conta com profissionais de diversas áreas, os quais efetuam manutenções corretivas e preventivas. Possui oficina eletromecânica equipada com aparelhos para medições e verificações de grandezas elétricas e mecânicas, servindo de apoio aos profissionais da área de manutenção, e um constante estoque de peças de reposição que garante reparos emergenciais em um curto espaço de tempo.